Obsidian × Claude Code 連携｜第二の脳を3層で自動化した構成

結論​（即答）​: Obsidian と​ Claude Code で​何ができるか

Claude Code に​ Vault を​読ませると、​過去の​判断や​事業の​文脈を​踏まえて​作業できます。

Obsidian の​ノートは、​パソコンの​中に​ある​普通の​ Markdown ファイルです。​Claude Code は​ファイルを​読み​書きできるので、​特別な​接続が​なくても​ Vault を​扱えます。

2つの​道具の​役割は、​次の​2つです。

• Obsidian 側の​利点: 自分の​メモが​手元の​ファイルと​して​残り、​人が​読み返しやすい
• Claude Code 側の​利点: ​その​ファイルを​読んで、​探す・まとめる​・​書き足すまでを​代わりに​こなす

当社では​次の​3つを​自動で​回しています。

• 作業の​記録を、​応答の​たびに​日次ノートへ​書き込む
• 前日の​記録と​受信箱から、​毎朝​5時に​技術wikiを​生成する
• 設計の​判断や​デプロイ結果を、​プロジェクトの​ノートに​残す

AI に​毎回自己紹介を​し直す​手間が​減りました。​「前に​どう​決めたか」を​ AI 自身が​ノートから​探せます。

ただ、​仕組みが​止まったのに​誰も​気づかなかった​日も​あります。

Obsidian でやる​理由​（Notion・普通の​テキストエディタとの​違い）

AI に​読ませる​メモを​貯める​場所と​して、​Obsidian は​「手元の​ファイル」と​「人の​読みやすさ」を​両方満たします。

Claude Code は​フォルダを​そのまま​読めるので、​変換の​手間が​かかりません。

テキストエディタでも​ファイルは​読めます。​Obsidian を​選ぶ理由は、​リンクと​逆リンクで​人が​読み返しやすい点です。​AI が​書いた​ノートを、​人が​後から​確かめやすくなります。

Notion と​併用するか、​置き換えるか

判断の​目安は​「誰が​書き、​誰が​読むか」です。

• 自分​ひとりで​考える​・学ぶ・​判断を​残すメモ → Obsidian
• チームで​同時に​編集する​表や、​社外と​共有する​ページ → Notion
• 両方​ある​ → 併用する。​同じ​内容を​二重に​書かず、​片方から​リンクを​張る

当社では​併用しています。​社外と​共有する​整えた版は​ Notion、​判断の​履歴や​技術メモは​ Obsidian です。

始め方​: インストールから​ Vault で​起動するまで

手順は​4つです。​ターミナル​（文字で​指示を​打つ​画面）を​1回開ければ​進められます。

1. 動く​環境と​プランを​確かめる

Claude Code の​公式ドキュメントでは、​対応 OS は​次のとおりです​（2026年9月26日確認）。

• macOS 13.0 以上
• Windows 10 1809 以上​（WSL でも​動く）
• Ubuntu 20.04 以上、​Debian 10 以上​など

使うには​ Pro、​Max、​Team、​Enterprise の​いずれかか、​Console​（API）の​アカウントが​要ります。​claude.ai の​無料プランには​ Claude Code が​含まれません。

2. Claude Code を​入れる

公式が​勧める​入れ方は、​macOS・Linux なら次の​1行です。

curl -fsSL https://claude.ai/install.sh | bash

Windows では​ PowerShell で​次の​1行を​使います。

irm https://claude.ai/install.ps1 | iex

入ったら​ claude --version で​番号が​出るか​確かめます。

3. Vault の​フォルダで​起動する

Vault の​フォルダに​移動してから​ claude と​打ちます。​初回は​ブラウザで​ログインを​求められます。

cd ~/Documents/あなたのVault名
claude

起動した​フォルダの​中が、​Claude Code の​作業範囲に​なります。​ここで​ノートの​読み​書きができます。

4. CLAUDE.md を​置く

Vault の​一番上に​ CLAUDE.md を​置きます。​起動の​たびに​読まれる​ルールブックです。​Claude Code の​中で​ /init と​打つと、​下書きを​作らせる​こともできます。

当社は​少し​違う​使い方を​しています。​ふだんは​各プロジェクトの​フォルダで​ Claude Code を​起動し、​Vault は​場所を​指定して​読み​書きする​形です。

Vault の​場所と​使い方は、​全プロジェクト共通の​ CLAUDE.md に​書いています。

作業フォルダの​外に​ある​ Vault を​触らせる​方法も​あります。​起動時に​ --add-dir で​ Vault の​場所を​足します。

つなぐ方法は​4つ

最初は​ファイルの​直接読み​書きで​足ります。​ほかの​3つは、​必要に​なってから​足せば間に​合います。

公式ヘルプに​よると、​アプリが​閉じていても、​公式 CLI の​最初の​コマンドで​アプリが​起動します。​ただし当社は、​無人で​動く​定時実行を​直接の​読み​書きに​寄せています。​人が​見ていない​時間に、​アプリの​起動待ちで​止まるのを​避けたいからです。

Obsidian 本体には​ AI 機能も​公式の​ MCP も​ありません。​AI との​連携は、​利用者が​自分で​組む部分です。

MCP を​使う​場合は、​プロジェクトの​フォルダに​ .mcp.json を​置きます。​Claude Code の​公式ドキュメントに​ある​最小の​形は​次のとおりです。

{
  "mcpServers": {
    "server-name": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@example/mcp-server"]
    }
  }
}

server-name と​中身は、​使う​ MCP サーバーの​説明に​合わせて​書き換えます。​初めて​使うときは、​Claude Code が​使って​よいか​確認してきます。

Obsidian の​中から​使う​プラグイン

ターミナルを​開かずに、​Obsidian の​画面の​中から​ Claude Code を​使う​プラグインも​あります。​代表的な​3つを、​各プラグインの​ GitHub の​説明をもとに​比べました​（2026年9月26日確認）。

3つとも、​公式の​審査を​まだ​受けていない​ことが​一覧に​表示されます。​入れるか​どうかは、​各自で​内容を​確かめて​決めてください。

Claudian は​当社でも​一度入れましたが、​ほかの​2つは​試しておらず、​3つとも​日々の​作業には​使っていません。​ターミナルの​ Claude Code で​足りている​ため、​どれかを​勧める​こともしません。

最初に​設定する​3つ

自己紹介ファイル、​CLAUDE.md、​obsidian-skills の​3つを​入れると、​AI の​出力が​安定します。

1. 自己紹介ファイル 名前、​仕事、​役割、​好みの​進め方を​1枚に​書きます。​最初の​下書きは​ AI に​作らせて、​自分で​直すと​早く​終わります。

2. CLAUDE.md Claude Code が​毎回読むルールブックです。​ここには​「どの​フォルダに​何が​あるか」の​案内と、​守って​ほしい​決まりだけを​書きます。​長く​すると​毎回の​読み込みが​重くなり、​出力が​ぶれます。

当社の​ CLAUDE.md には、​Vault の​場所と、​情報の​種類ごとの​置き場所の​表への​案内を​載せています。​細かい​決まりは​別の​ファイルに​分け、​必要な​作業のときだけ読ませます。

当社の​ CLAUDE.md から、​Vault に​関わる​部分を​抜き出しました。​場所の​一部は​伏せ字にし、​言い回しを​短くしています。

■ 参照ライブラリ（該当作業の前に読む）
| Obsidian Vault に書く・置き場所を決める | obsidian.md |

■ Obsidian の3層構造
- 層1（セッション記録）と層2（技術wiki、毎朝5時）は全自動
- Claude Code は技術ドキュメントのフォルダに直接書かない
- 層3のみ Claude Code の仕事: 設計判断・デプロイ結果・フェーズ進行を書く

■ 認証情報の場所
- ID・パスワード・APIキーは Vault の
  02_プロジェクト/{番号}_{名前}/01_運用/環境変数一覧.md に集約する
- CLAUDE.md やルールのファイルに平文で書かない
- Vault の場所: /Users/●●●/Documents/●●●/

Vault の​一番上の​フォルダは、​次のように​分けています​（一部を​省略）。

Vault/
├── 00_受信箱/            … 毎朝の取り込みの対象
├── Clippings/            … Web から切り抜いた記事
├── 01_01_デイリーノート/  … 日次ノート。年ごとのフォルダに入れる
├── 01_02_ウィークリーノート/
├── 01_03_マンスリーノート/
├── 02_プロジェクト/       … 事業・案件ごと。INDEX.md と判断の記録
├── 04_技術ドキュメント/    … 毎朝自動で生成する技術wiki
├── 05_会議記録/
├── 06_読書ノート/
├── 07_アーカイブ/         … 終わったものはすべてここへ
├── 07_テンプレート/
├── 09_ヒストリー/         … 会社と事業の歴史
└── 100_機密/             … バックアップの対象から外す

3. obsidian-skills Obsidian の​ CEO が​個人で​公開している、​AI 向けの​スキル集です。​スター数は​ 48,870、​ライセンスは​ MIT。​出典は​ GitHub の​ kepano/obsidian-skills​（2026年9月26日時点）です。

Markdown、​Bases、​Canvas、​公式 CLI などの​正しい​書き方を​ AI に​教えます。​Claude Code なら次の​2行で​入ります。

/plugin marketplace add kepano/obsidian-skills
/plugin install obsidian@obsidian-skills

この​スキル集は、​書き方を​教える​ためのものです。​入れただけで​何かが​自動で​整理される​わけでは​ありません。​当社でも​書き方の​参照にだけ​使い、​Vault の​運用ルールは​自分たちで​決めています。

毎日​・毎週の​使い方と​頼み方の​例

頼み方は​短くて​大丈夫です。​どの​ノートを​読めば​よいかは、​CLAUDE.md に​書いた​置き場所の​表から​ AI が​探します。

実際に​社内で​使っている​頼み方を、​場面ごとに​並べます。

朝の​整理と​週の​ふり返りは、​日次ノートが​自動で​たまっているから​成り​立ちます。​記録が​空だと、​AI は​一般論しか返せません。

リンクと​タグは、​AI に​付けさせた​あと​人が​見直します。​毎週月曜の​点検で、​リンク​切れや​重複も​一覧に​なります。

当社の​3層構成

記録・wiki生成・判断を​別々の​層に​分けると、​誰が​どこに​書くかで​迷わなくなります。

層1: 自動記録 Claude Code が​応答を​終える​たびに​ hook が​動き、​その​日の​日次ノートを​更新します。​1セッションを​1ブロックに​まとめ、​目印の​コメントで​区切る​形です。​要約は​ファイルが​3件以上変わったときなどに​作り直すので、​毎回の​負荷は​小さく​済みます。

複数の​セッションが​同時に​書き込むこともあります。​書き込み中は​目印の​ファイルを​置き、​ほかの​書き込みを​待たせて​衝突を​防いでいます。

層2: 毎朝の​wiki生成 毎朝​5時に​前日分の​日次ノートと​受信箱を​処理します。​受信箱の​素材は​3段階で​振り分け、​手順や​数値が​ある​素材だけを​テーマ別の​wikiに​まとめます。

月曜だけは、​リンク​切れや​重複を​一覧に​する​点検も​動きます。​修正は​自動で​せず、​人が​見てから​直す運用です。​処理済みの​ファイルと​日付は​別の​記録に​残し、​同じ​素材の​二度処理を​防いでいます。

以前は​夜22時に​動かしていました。ところが​夜の​作業が​取り​こぼされたので、​2026年7月5日に​翌朝5時へ​移しました。​日付が​確定した​前日分を​まとめて​処理する​ためです。

層3: 判断の​記録 3ファイル以上の​変更や​デプロイの​後に、​Claude Code が​プロジェクトの​ノートへ​書きます。​決めた​こと、​理由、​選ばなかった​案、​影響の​4つです。​数か​月後に​「なぜこうしたのか」を​追えるように​残しています。

この​ほか、​X の​投稿を​「これ解説して」と​渡すと、​解説を​ Tips ノートと​して​自動保存しています。​2026年9月26日時点で​454件たまりました。

その​他の​定時処理 深夜​1時台には、​会議の​記録の​取り込みと、​前日ノートを​人が​読みやすく​整える​処理も​動きます。​Vault に​書き込む仕組みは、​3層の​ほかにも​あります。

人が​読むノートと​ AI の​記憶を​分ける​理由

人と​ AI では​読みやすい​形が​違います。​当社は​置き場所を​情報の​種類で​決めています。

人は​読み返しやすさや​リンクの​つながりを​重視します。​AI は​ファイルの​場所、​短い​要約、​今も​有効か​どうかを​重視します。​何でも​ Vault に​入れて​毎回読ませると、​古い​情報や​別案件の​話が​入り込み、​答えが​ずれました。

迷ったときは、​次の​作業で​ AI が​使うか、​人が​後で​読み返す記録か、​技術と​して​再利用する​知識かの​3点で​決めます。

AI が​作る​ノートには、​冒頭に​共通の​プロパティを​付けます。

record_type: decision
project: 事業名
status: active
created: 2026-09-26
updated: 2026-09-26
tags: [...]

プロパティの​ status は​英語の​小文字だけに​しています。​日本語で​書くと、​Bases の​絞り込みが​効かなくなった​ためです。

重要な​判断には、​前提、​見直す条件、​見直す​日も​書きます。​見直す​日を​過ぎると、​週1回の​点検で​通知が​届きます。

既存の​ノートは​まとめて​直しません。​触った​ノートから​順に​揃えています。

秘密情報を​読ませない​設定

Claude Code が​読んだ​内容は、​AI の​処理の​ために​ Anthropic へ​送られます。​読ませたくないものは、​読めない​設定に​して​おきます。

送られる​範囲 公式ドキュメントに​よると、​送られるのは​指示の​文と​ AI の​出力で、​通信は​暗号化されます。​AI が​開いた​ファイルの​中身も、​この​送信に​含まれます。​Vault 全体を​毎回まとめて​送る​仕組みでは​ありません。

学習への​利用は、​プランで​扱いが​違います。

Pro・Max では、​設定を​オンに​したときだけ学習に​使われます。​Team・Enterprise・API では、​原則と​して​学習に​使われません。​出典は​公式ドキュメントの​「Data usage」です​（2026年9月26日確認）。

読めないように​する​設定 公式ドキュメントに​ .claudeignore と​いう​仕組みの​記載は​ありません。​代わりに、​設定ファイルの​ permissions.deny で​読み取りを​禁止します。

{
  "permissions": {
    "deny": [
      "Read(./100_機密/**)",
      "Read(./**/環境変数一覧.md)"
    ]
  }
}

この​設定は、​Claude Code の​読み取り機能と、cat​ などの​よく​使う​コマンドに​効きます。​ただし、​別の​プログラムが​自分で​ファイルを​開く​場合までは​止められません。​すべての​読み取りを​ OS の​側で​止めたい​場合は、​公式の​サンドボックス機能を​使います。

設定ファイルの​置き場所は​2つあります。​その​ Vault だけに​効かせるなら​ .claude/settings.json です。​全体に​効かせるなら​ ~/.claude/settings.json に​置きます。

当社の​置き場所と​バックアップ パスワードや​ API キーは、​各プロジェクトの​「環境変数一覧」と​いう​1つの​ノートに​集めています。​CLAUDE.md やルールの​ファイルには​平文で​書きません。

機密フォルダと​「環境変数一覧」は、​GitHub への​バックアップの​対象から​外しています。​この​2つの​控えは、​Mac 本体の​バックアップ​（Time Machine）だけに​残る​形です。

スマホ・複数 PC・バックアップ

当社の​ Vault は​1台の​ Mac に​置き、​毎晩​ GitHub へ​バックアップしています。​スマホとの​同期は、​今は​していません。

当社の​バックアップ 毎日​23時30分に、​Vault の​変更を​ GitHub の​非公開リポジトリへ​自動で​送ります。​失敗したときは​通知が​届きます。​最後の​送信が​2日以上前なら​異常と​みなします。

git の​履歴が​残るので、​AI が​ノートを​壊しても​前の​状態に​戻せます。​この​点は、​AI に​書かせる​ Vault では​特に​効きます。

スマホで​見る​・複数の​ PC で​使う​選択肢 一般に、​次のような​方法が​あります。​当社は​どれも​使っていないので、​選択肢と​して​挙げるだけにと​どめます。

同期を​入れる​前に、​機密フォルダが​どこまで​届くかを​確かめて​おくと​安心です。

スマホから​ Vault を​直接開く​運用は、​していません。​外出中は、​チャットで​ Mac 側の​ AI に​頼む形に​しています。​Vault の​管理を​1か所に​まとめる​ためです。

失敗から​学んだ​こと

自動化は、​止まっても​誰も​気づかないのが​いちばん怖い​点でした。

1. 取り込みが​7日間止まっていた​ 2026年6月27日から​7月3日まで、​毎朝の​wiki生成が​動いていませんでした。​Python の​実行環境を​切り替えた​影響で、​エラーを​出さずに​失敗し続けていたのです。​対策は​3つです。

• 実行に​使う​ Python を​固定した
• 失敗したら​ Slack へ​自動で​通知する
• 週1回の​点検で、​wikiの​最新日付が​3日以上前なら​異常とみなす

この​件以来、​自動化を​作るときは​通知と​点検を​セットに​しています。

2. 日次ノートを​違う​場所に​作った​ 日次ノートは​年ごとの​フォルダに​置く​決まりです。​2026年8月26日に、​年フォルダの​外へ​6件作っていた​ことが​分かりました。​統合したうえで、​書き込む前に​パスに​年フォルダが​あるかを​確かめる​手順を​足しました。

Vault に​書き込む仕組みが​増える​ほど、​置き場所の​決まりを​文章で​残しておく​意味が​大きくなります。​人が​覚えているだけでは、​AI には​伝わりません。

3. 定時実行が​権限確認で​止まる​ macOS では、​定時実行から​起動した​プログラムが​デスクトップ配下を​触ると、​権限確認で​止まる​ことがあります。​エラーは​出ず、​待ち続けるだけです。

当社では​別の​定時ジョブが​3週続けて​失敗し、​原因の​特定に​時間が​かかりました。​定時実行では​デスクトップ配下を​避け、​起動の​しかたも​分けています。​Vault を​置く​場所を​決めるときにも​気を​つけたい点です。

よく​ある​誤解

SNS で​見かける​主張には、​正しい​部分と​言い​過ぎの​部分が​混じっています。

「MCP で​つなぐだけで、​情報が​自動で​ Vault に​たまる」​ MCP は、​AI が​外の​ツールに​触る​ための​窓口です。​Gmail や​カレンダーを​つないでも、​それだけでは​ノートは​増えません。

ためるには、​定時実行や​ hook で​「いつ・何を​書くか」を​別に​組む必要が​あります。​MCP を​10個並べた​ある​投稿も、​当社の​点検では、​実現できるものと​言い​過ぎのものが​混じっていました。

「スキルを​入れれば​ AI が​ Vault を​整理してくれる」 obsidian-skills は​書き方の​教科書です。​どの​フォルダに​何を​置くか、​いつ整理するかは、​自分で​決めるしか​ありません。

「Obsidian を​開いていないと、​AI は​ Vault を​読めない」 直接読み​書きなら、​アプリを​閉じていても​読めます。​アプリの​起動が​関わるのは、​公式 CLI を​使うときです。

「全部を​ Vault に​入れて​毎回読ませれば​賢くなる」 全部を​読ませても​賢くは​なりません。​作業ごとに​必要な​フォルダだけを​読ませる​ほうが、​当社では​出力が​安定しました。

「Vault は​ Claude Code 専用に​なる」 Codex など他の​ AI とも​同じ​ Vault を​共有できます。​Vault は​ただの​ファイルなので、​どの​ AI からも​読めます。

社内では、​Codex 用の​ルールファイル​（AGENTS.md）に​中身を​書き込んでいません。​「開始時に​この​ファイルを​読め」と​いう​案内だけを​置き、​元に​なる​ファイルを​1つに​絞っています。​こうすると、​AI ごとに​書いた​内容が​食い​違う​心配が​減ります。

よく​ある​質問

プログラミングができなくても​使えますか ​使えます。​当社の​代表は​プログラミングを​しない​経営者で、​この​仕組みも​ AI と​相談しながら​組みました。

ターミナルに​打つのは、​インストールと​ claude の​起動くらいです。​あとは​日本語で​頼めば​進みます。

メモを​読ませて​安全ですか。​どこまで​送られますか​ AI が​開いた​ファイルの​中身と​指示の​文が、​Anthropic へ​送られます。​Vault 全体が​毎回送られる​わけでは​ありません。

読ませたくない​フォルダは、permissions.deny​ で​読めないようにします。​パスワード類は​1か所に​まとめて​外します。

MCP と​プラグイン、​どちらを​使えば​よいですか​ ​最初は​どちらも​要りません。​Claude Code は​ Vault の​ファイルを​直接読めます。​画面の​中で​使いたくなったら​プラグイン、​外の​アプリと​つなぎたくなったら​ MCP を​足します。

Obsidian を​開いたままに​しておく​必要は​ありますか​ 直接読み​書きするだけなら​不要です。​公式 CLI を​使う​場合は、​アプリが​起動している​必要が​あります。​閉じていても、​最初の​コマンドで​アプリが​立ち上がると​公式ヘルプに​あります。

Vault が​大きいと、​遅くなったり​料金が​高くなったりしますか​ Claude Code が​読むのは、​検索で​当たった​ファイルと​指示した​ファイルです。​Vault の​大きさが​そのまま​料金に​響く​仕組みでは​ありません。​毎回読まれる​ CLAUDE.md は​短く​保つと、​読み込みが​軽く​済みます。

スマホから​操作できますか​ Claude Code は​ Mac や​ PC で​動かす道具です。​スマホで​ Vault を​見るには、​Obsidian Sync などの​同期を​別に​用意します。​当社では​同期せず、​外出中は​チャットで​ Mac 側の​ AI に​頼んでいます。

Notion より​ Obsidian を​選ぶ理由は​何ですか​ データが​手元の​ファイルと​して​残り、​Claude Code が​そのまま​読めるからです。​チームで​同時に​編集する​資料は​ Notion の​ほうが​向きます。​社内でも​両方を​使い分けています。

Codex など他の​ AI と​ Vault を​共有できますか できます。​Vault は​ただの​ファイルなので、​どの​ AI からも​読めます。​各 AI の​ルールファイルには​「この​ファイルを​読め」と​いう​案内だけを​置き、​中身は​1か所で​管理しています。

AI に​任せると、​考える​力が​落ちませんか​ 判断​そのものは、​いまも​人が​しています。​AI には、​決めた​ことと​理由、​選ばなかった​案を​記録させています。​後で​読み返せるので、​判断を​ふり返る​機会は​むしろ​増えました。

どこまで​自動化し、​止まったら​どう​気づけば​よいですか​ 記録と​整理は​自動にし、​判断は​人に​残しています。​自動の​処理には、​失敗したら​通知が​届く​仕掛けを​付けます。​週1回の​点検で、​最新の​日付が​古くなっていないかも​確かめます。

まとめ

Obsidian と​ Claude Code は​ファイルの​直接読み​書きで​つながります。

• 最初は​自己紹介ファイル、​CLAUDE.md、​obsidian-skills の​3つを​入れます
• 頼み方は​短くてかまいません。​日次ノートが​たまる​ほど​答えが​具体的に​なります
• 記録・wiki生成・判断を​3層に​分けます
• 人が​読むノートと​ AI の​記憶は​置き場所を​分け、​秘密情報は​読めない​設定にします
• 自動化には、​失敗の​通知と​週1回の​点検を​付けます

仕組みを​作って​終わりに​すると、​7日間止まっていても​気づけません。​止まったときに​知らせる​仕掛けまでが、​第二の​脳の​設計です。

社内の​ナレッジを​ Obsidian と​ AI で​どう​設計するか​迷ったときは、​当社の​構成をもとに​お話しできます。​必要なときに​ お問い​合わせ から​どうぞ。